Masalahnya adalah bahwa langkah-langkah tersebut di atas adalah suatu metodologi. Di dalam pelaksanaan audit, bukan hanya metodologi yang dilaksanakan namun juga dipengaruhi oleh faktor keahlian (expertise). Ini adalah tentang bagaimana analisa dan rekomendasi yang diberikan oleh auditor dengan pengalaman audit 1 tahun dapat berbeda dengan yang diberikan oleh auditor dengan pengalaman audit 10 tahun.
Dalam pekerjaannya, Internal Auditor terkadang memperoleh julukan sebagai "polisi Perusahaan". Hal tersebut karena internal auditor bekerja untuk memeriksa kesalahan-kesalahan yang ada diperusahaan. Namun demikian, dalam perkembangannya, paradigm audit internal modern semakin berkembang, termasuk tugas, peranan dan fungsinya.