Update terbaru dari QS World University Rankings by Subject telah mengurutkan daftar peringkat universitas terbaik di dunia berdasarkan masing-masing jurusan dan program studi yang dimiliki maisng-masing kampus. Pada 2013, QS merilis lima kampus terbaik dengan jurusan Ilmu Komputer dan Sistem Informasi terbaik skala Indonesia.
Pemeringkatan ini menggunakan indikator reputasi akademik, kualitas sumber daya manusia, jumlah tingginya kutipan yang dipakai para peneliti, indeks pengukuran produktivitas dan dampak dari sebuah karya ilmiah para peneliti dan sarjana-sarjananya, serta kekuatan spesialisasi pada disiplin ilmunya.
Berikut daftar lengkap kampus dengan jurusan Ilmi Komputer dan Sistem Informasi Terbaik di Indonesia tahun 2013:1. Institut Teknologi Bandung2. Universitas Indonesia3. Institut Teknologi Sepuluh Nopember4. Universitas Gadjah Mada5. Universitas Islam Indonesia